Od leta 1903, ko je Muzejsko društvo za javnost prvič odprlo muzej v prostorih mestne nadaljevalne šole na vogalu današnje Razlagove in Cankarjeve ulice, so se v društvu soočali s prostorsko stisko. Dne 16. januarja 1916 so muzej preselili v prostore opuščene kaznilnice na današnji Cankarjevi ulici.

Zgodovinsko društvo za slovensko Štajersko je imelo prostore najprej v deškem semenišču, leta 1909 pa je svojo razstavo odprlo v Narodnem domu. V času prve svetovne vojne so morali muzej zapreti, leta 1920 pa se je zbirka združila z zbirko Muzejskega društva. Ko se je zbirkama leta 1924 pridružila še zbirka Lavantinskega škofijskega muzeja, so tudi prostori v prenovljeni kaznilnici na Cankarjevi ulici postali pretesni.

Franc Kovačič je v svojem prispevku o nastanku mariborskega muzeja zapisal, da je muzej iz vseh treh združenih muzejev do tedaj (do leta 1928) zbral 6907 predmetov, od katerih jih mnogo še ni katalogiziranih, veliko pa jih je v čumnati in na podstrešju, ker zanje v muzeju ni prostora.

Leta 1933 je mariborski mestni svet sprejel sklep o nakupu mariborskega mestnega gradu od Vilka in Berte Berdajs in grad je bil leta 1937 namenjen za muzej. Dne 10. aprila 1938 je bil muzej na Cankarjevi ulici zadnjič odprt za javnost, 18. decembra 1938 pa so bile muzejske zbirke odprte v prostorih mariborskega mestnega gradu.