S. Šalkauskis wurde am 15. Mai 1886 in Ariogala, einer kleinen Stadt (heute im Bezirk Raseiniai), geboren. Noch als Kind zog er mit seiner Familie nach Šiauliai, wo sein Vater Julijonas Šalkauskis ein Jahrzehnt lang die Stadt leitete – er war Bürgermeister. In Šiauliai wuchs Stasys auf, reifte heran, hier entfaltete sich seine Persönlichkeit und formte sich sein Weltbild. S. Šalkauskis besuchte das Jungengymnasium in Šiauliai. Zu dieser Zeit war Litauen von zaristischen Russland besetzt, und die zaristische Regierung verfolgte dort eine strenge Russifizierungspolitik und unterdrückte die litauische Sprache und Kultur. Dennoch verbreiteten sich unter den Gymnasiasten von Šiauliai demokratische Ideen und der litauische Nationalgedanke. Auch S. Šalkauskis engagierte sich in litauischen Aktivitäten und schlug den Weg eines Patrioten ein. Nach seinem Abitur im Jahr 1905 ging Stasys an die Universität Moskau in Russland, um Jura und Wirtschaftswissenschaften zu studieren. Dort kam es zu einer ersten intensiveren Begegnung mit der Philosophie. Nach seinem Universitätsabschluss ließ sich S. Šalkauskis in Samarkand (Usbekistan) nieder und arbeitete als Jurist. Diese Tätigkeit bereitete ihm jedoch keine Befriedigung. Die Philosophie zog ihn immer mehr an. S. Šalkauskis begann, philosophische Artikel in der litauischen Presse zu veröffentlichen. Bald ergab sich die Möglichkeit, ein Stipendium für ein Philosophiestudium in Westeuropa zu erhalten. So reiste S. Šalkauskis 1915 in die Schweiz und begann sein Studium an der katholischen Universität Freiburg.