S. Šalkauskis 1886. május 15-én született Ariogalában, egy kisvárosban (ma Raseinių járás). Még kisgyermekként családjával Šiauliai-ba költözött, ahol édesapja, Julijonas Šalkauskis egy évtizeden át vezette a várost – polgármester volt. Stasys Šiauliai-ban nőtt fel, itt érlelődött személyisége, itt alakult ki világnézete. S. Šalkauskis a šiauliai fiúgimnáziumban tanult. Abban az időben Litvánia a cári Oroszország megszállása alatt állt, és a cári hatóságok szigorú oroszosítási politikát folytattak, üldözték a litván nyelvet és kultúrát. A šiauliai gimnázium diákjai között azonban demokratikus és litván nemzeti eszmék terjedtek. S. Šalkauskis is bekapcsolódott a litván mozgalmakba, és a hazafi útját választotta. Miután 1905-ben befejezte a gimnáziumot, Stasys Oroszországba, a Moszkvai Egyetemre ment jogot és közgazdaságtant tanulni. Itt került először közelebbi kapcsolatba a filozófiával. Az egyetem elvégzése után S. Šalkauskis Samarkandban (Üzbegisztán) telepedett le, és jogászként dolgozott. Ez a munka azonban nem nyújtott neki elégedettséget. Egyre inkább a filozófia vonzotta. S. Šalkauskis filozófiai cikkeket kezdett publikálni a litván sajtóban. Hamarosan lehetőség nyílt arra, hogy ösztöndíjat kapjon filozófiai tanulmányokhoz Nyugat-Európában. Így 1915-ben S. Šalkauskis Svájcba utazott, és megkezdte tanulmányait a katolikus Fribourg-i Egyetemen.